Фонды музея-квартиры П.К. Козлова — это личный архив самого путешественника, архив его жены Е.В. Пушкаревой-Козловой, библиотека, картографическая коллекция, фотографическая коллекця, собрание почтовых карточек и мемориальные предметы. Библиотека насчитывает около 2000 наименований научной и художественной литературы. Многие книги имеют дарственные надписи авторов и ценные маргиналии. Архив и библиотека музея доступны для исследователей.
В фондах музея содержатся уникальные материалы, связанные с научными исследованиями П.К. Козлова, в том числе с раскопками в Хара-Хото и Ноин-Уле и с его работой в должности правительственного комиссара по охране заповедника Аскания-Нова в Таврической губернии (ныне Херсонская обл. Украины) с 1917 по 1919 гг.