С начала 1990-х до 2015/16 гг. штат музея, исключая должность главного хранителя, состоял из научных сотрудников и лаборантов, составлявших проблемную Группу по истории изучения Центральной Азии в рамках СПбФ ИИЕТ РАН. Группой велась научная работа по изучению истории российских исследований в Центральноазиатском регионе — «рекогносцировочных» экспедиций Н.М. Пржевальского, Б.Л. Громбчевского, Г.Е. Грумм-Гржимайло, П.К. Козлова, этнографических экспедиций Г.Н. и А.В. Потаниных и т.д. Труд музейного коллектива выливался не только в статьи и проблемные монографии сотрудников, но также в организацию научных конференций, издание сборников статей и публикацию источников.
За указанную четверть века на базе или при непосредственном участии музея были подготовлены и выпущены такие издания как «От Байкала до священной Лхасы» (1997) А.И. Андреева; «Дневники Монголо-Тибетской экспедиции 1923-1925» (2003) — публикация «географического дневника» П.К. Козлова времён последней экспедиции; «Среди людей и птиц» (2007) — сборник материалов о жизни и научной деятельности Е.В. Пушкарёвой, жены путешественника; «Буддийская культура. Вторые Доржиевские чтения» — сборник трудов конференции; «Российские экспедиции в Центральную Азию. Организация, полевые исследования, коллекции. 1870–1920-е гг.» — коллективная монография; «Российское изучение Центральной Азии: исторические и современные аспекты. (К 150-летию П.К. Козлова)» (2013 — тезисы; 2014 — статьи) — по итогам юбилейной конференции; «Дневники Монголо-Сычуанской экспедиции 1907-1909 гг.» — публикация дневника «хара-хотинской» экспедиции П.К. Козлова.
Подробнее о научной работе в музее в 1995-2015 гг. можно прочесть здесь.
На настоящий момент музей формально сохраняет за собой наименование «Группы по истории изучения Центральной Азии», однако научных ставок при нём нет, штат ограничен одной административной (заведующий) и одной хранительской (главный хранитель) должностями. Но по мере сил и возможностей сотрудники продолжают вести научные штудии и организовывать тематические круглые столы.