Экспозиционное пространство музея включает в себя:
– Прихожую;
– Мемориальный рабочий кабинет П.К. Козлова;
– «Экспедиционную комнату» — зал, посвящённый истории русских экспедиций в Центральную Азию в середине XIX – начале XX веков (П.П. Семенова-Тян-Шанского, Н.М. Пржевальского, М.В. Певцова, Г.Н. Потанина, П.К. Козлова и др.);
– «Тибетскую комнату» с экспозицией, рассказывающей о традиционной буддийской культуре, российских путешественниках в Тибет и учёных-тибетологах;
– Зал временных выставок.
Среди экспонируемых предметов – архивные документы, дневники, письма, книги, географические карты, рисунки и фотографии, личные вещи П.К. Козлова, свидетельствующие о великой эпохе научного освоения Россией центральноазиатского региона. Большой интерес представляет экспедиционное оборудование того времени – вьючные мешки и ящики для перевозки приборов и коллекций, ружейное снаряжение, компасы, бинокли, фотопринадлежности.
